Kronik migren hastalarında hastanın düzenli ilaç kullanımını istememesi ya da bu tedavilere yanıt alınamayan durumlarda, ilaç tedavisinin uygulamadığı hallerde botulinum toksin uygulaması bilimsel olarak kanıtlanmış bir tedavi yöntemidir. Baş ağrısı sıklığını ve şiddetini azaltmak ve kişiyi ağrı kesici kullanımdan kurtarmak hedeflenmektedir. Baş, boyun ve omuzlarda 31 fix noktaya belirli dozlara botulinum toksin uygulanarak Trigeminovasküler yolağın bloke edilmesi esasına dayanır. Gerekli olursa ek noktalara ilave dozlar yapılabilmektedir.
Uygulama 10-15 dakikada biter, sonrasında kişi normal günlük yaşantısına devam edebilir. Sadece uygulama yapıldığı gün enjeksiyon bölgelerini ovalamaması önerilmektedir.
Uygulama çok ince iğneler ile yapıldığı için belirgin bir ağrıya neden olmaz. Bazen uygulama bölgelerinde küçük şişlikler oluşabilir ancak bunlar da buz uygulaması ile hemen düzelecektir.
Botulinum toksin uygulamasının ilk yıl için 3-4 ayda bir yapılması önerilir, sonrasında kişinin durumuna göre uygulama aralıkları uzatılabilir.
Botulinum toksin uygulandıktan sonra hastalar düzenli kullandıkları ilaçları ve ağrı kesicileri bırakabilmektedir.
Gebelik-emzirme dönemindeki kadınlar ve küçük çocuklar hariç tüm kronik migren hastalarına uygulanabilir.